企业培训资讯_企业培训干货

当前位置:首页 > 名师团队

澳门ag真人游戏:手把手教你用PyMOL作出蛋白结构图——1.基础篇

发布时间:2020-12-09    来源:澳门ag真人游戏85294

本文摘要:当读者在文学上获得高分时,你是否经常会发现像下面这样令人难忘的蛋白质结构图?

澳门ag真人游戏首页

当读者在文学上获得高分时,你是否经常会发现像下面这样令人难忘的蛋白质结构图?像这样:这些图都可以用PyMOL来做,那么PyMOL是什么呢?软件命名为Py MOL:“Py”回应说是从计算机语言Python派生出来的,“MOL”回应说是用来表现分子结构的。是由WarrenLyfordDeLano编写,DeLanoScientificLLC商业化的开源代码。01界面解释关闭PyMOL后,你不会看到右边的界面。这个界面分为两个窗口,上面一个叫ExternalGUI窗口,下面一个叫Viewer窗口。

查看器窗口分为两部分,左边部分用来显示结构图像(查看器),右边部分是一个InternalGUI窗口(内部GUI)。查看器本身包含一个命令行(我们可以在左下角看到pymol >提示),可以用来输出PyMOL命令;在InternalGUI的右上角,我们可以看到由不同颜色区分的五个按钮。a、S、H、L、C分别回应五个字:动作、显示、隐藏、标签、颜色。

我将在前面的例子中向您展示相应的含义。02基本操作蛋白质文件的基本格式是PDB。

以胸腺嘧啶核苷酸激酶的结构1kim为例,介绍pdb文件是如何显示的。这个文件有三种读取方式:在ExternalGUI中选择文件>自由打开,或者使用命令行:load得到如下图像:这个图像不能准确显示蛋白质的二级结构,我们可以通过下面的路径更准确的显示。Page s > as >漫画,全蛋白以螺旋和拉链的形式出现,但都是绿色的。

这时,我们并不觉得我们还没有明确地分开。我们可以通过以下路径展开颜色区分,C页> Byss > Helixsheetloop,这样就可以展开不同二级结构的着色。(SS为二级结构)文献中看到的蛋白质结构背景色一般为白色,但PyMOL配置文件背景色为黑色。

怎么才能把背景色调成白色?可以尝试如下图操作,在ExternalGUI的上窗口菜单显示>背景>白色,得到如下图。可能会发现图像的构图相当参差不齐,那么如何改变这种现象呢?我们可以尝试用PyMOL的美化程序来扩展形象。如下图所示,操作者,页面右上角的Draw/Ray,可以自由选择Ray,展开图像,并可以根据需要展开和调整图像分辨率,获得美化后的图像(背景为半透明,可以需要PS来展开和进一步编辑图像)。

如果电脑过度配备,我们也可以自由选择空闲系统资源少、速度慢的Draw,得到正确的画面。调整后需要对保留的图像进行扩展,一般保留两种形式,一种是PNG图片形式,一种是原始PyMOL格式,以后可以扩展更改。


本文关键词:澳门ag真人游戏,澳门ag真人游戏首页

本文来源:澳门ag真人游戏-www.emergence-llc.com

分享到:
相关推荐MORE+
01-17 澳门ag真人游戏:李光洁结婚!李光洁结婚证宣布与演员隋雨蒙结婚

本文摘要:演员李杰3日通过微博公开了与苏宇梦的结婚证明书照片,宣布结婚的喜讯也让网民们非常高兴,祝福了李杰。演员李杰3日通过微博公开了与苏宇梦的结婚证明书照片,宣布结婚的喜讯也让网民们非常高兴,祝福了

01-17 又双叒叕有一部催泪大片即将在渝开拍 ——《世上只有妈妈好》:澳门ag真人游戏

本文摘要:随着双十一的到来,各位主必须为这部不哭的电影囤积几盒纸巾。随着双十一的到来,各位主必须为这部不哭的电影囤积几盒纸巾。(毕竟这条纸巾很软,不是《世上只有妈妈好》公开的。我们让你们笑哭,哭笑。躺

01-17 澳门ag真人游戏首页_女性该怎样预防子宫腺肌症?

本文摘要:女性怎么才能防治子宫腺肌症?女性怎么才能防治子宫腺肌症?子宫腺肌症是一种少见妇科病,它对女性的危害相当大,一定要大力作好防治。最重要的是要从日常生活的点滴小事转行,明确的就一起来详尽理解一下

01-17 江苏无锡新吴区民居再次发生火灾【澳门ag真人游戏首页】

本文摘要:5月9日晚18时31分,江苏省无锡市新吴区放电镇一处民居再次发生火灾。再次发生火灾的地方是2楼的民居。当时一楼火势很猛,附近群众反映二楼人员陷入困境。得知情况后,指挥官立即下令派遣水枪消防车

政务先诚信起来是信用社会必由之路_时事政治_中公教育网 “空姐遇害案”之后,该如何看待网约车?|澳门ag真人游戏首页
热门文章
段成式古画思匡岭,上疑傅岩,蝴蝶闲移忍草,蝉晓揭高杉_澳门ag真人游戏
王朝:唐作者:李群玉爱复仇,无情旋转则宽-澳门ag真人游戏首页
王朝:唐作者:韩愈天街东西不同,祭祀命想玩-澳门ag真人游戏首页
固态硬盘的应用前景怎么样?_澳门ag真人游戏首页
数据线扼流圈可以提高CAN总线系统的可靠性-澳门ag真人游戏
蔡徐坤英国留学在哪里 蔡徐坤要去英国留学是真的吗
澳门ag真人游戏首页-苗木市场豆科紫荆花盆景同样受欢迎
澳门ag真人游戏-《黄河流域水资源演化规律与可再生性维持机理》通过验收
澳门ag真人游戏首页_美软件企业断供大疆无网卓新闻网人机 大疆回应:感到失望
王朝作家:薛英遥遥无期,风度几天持平_澳门ag真人游戏
购物中心能给餐饮业者带来什么?_澳门ag真人游戏首页
哪个动力电池技术强?中国福建去了宁德
物联网技术如何提高飞行中的安全性?:澳门ag真人游戏
深圳新增1例海外出口患者,瑞士浅-澳门ag真人游戏首页
水芋水芋的栽培技术有哪些?
客户案例
×