澳门ag真人游戏：手把手教你用PyMOL作出蛋白结构图——1.基础篇

当读者在文学上获得高分时，你是否经常会发现像下面这样令人难忘的蛋白质结构图？像这样：这些图都可以用PyMOL来做，那么PyMOL是什么呢？软件命名为Py MOL:“Py”回应说是从计算机语言Python派生出来的，“MOL”回应说是用来表现分子结构的。是由WarrenLyfordDeLano编写，DeLanoScientificLLC商业化的开源代码。01界面解释关闭PyMOL后，你不会看到右边的界面。这个界面分为两个窗口，上面一个叫ExternalGUI窗口，下面一个叫Viewer窗口。

查看器窗口分为两部分，左边部分用来显示结构图像(查看器)，右边部分是一个InternalGUI窗口(内部GUI)。查看器本身包含一个命令行(我们可以在左下角看到pymol >提示)，可以用来输出PyMOL命令；在InternalGUI的右上角，我们可以看到由不同颜色区分的五个按钮。a、S、H、L、C分别回应五个字：动作、显示、隐藏、标签、颜色。

我将在前面的例子中向您展示相应的含义。02基本操作蛋白质文件的基本格式是PDB。

以胸腺嘧啶核苷酸激酶的结构1kim为例，介绍pdb文件是如何显示的。这个文件有三种读取方式：在ExternalGUI中选择文件>自由打开，或者使用命令行：load得到如下图像：这个图像不能准确显示蛋白质的二级结构，我们可以通过下面的路径更准确的显示。Page s > as >漫画，全蛋白以螺旋和拉链的形式出现，但都是绿色的。

这时，我们并不觉得我们还没有明确地分开。我们可以通过以下路径展开颜色区分，C页> Byss > Helixsheetloop，这样就可以展开不同二级结构的着色。(SS为二级结构)文献中看到的蛋白质结构背景色一般为白色，但PyMOL配置文件背景色为黑色。

怎么才能把背景色调成白色？可以尝试如下图操作，在ExternalGUI的上窗口菜单显示>背景>白色，得到如下图。可能会发现图像的构图相当参差不齐，那么如何改变这种现象呢？我们可以尝试用PyMOL的美化程序来扩展形象。如下图所示，操作者，页面右上角的Draw/Ray，可以自由选择Ray，展开图像，并可以根据需要展开和调整图像分辨率，获得美化后的图像(背景为半透明，可以需要PS来展开和进一步编辑图像)。

如果电脑过度配备，我们也可以自由选择空闲系统资源少、速度慢的Draw，得到正确的画面。调整后需要对保留的图像进行扩展，一般保留两种形式，一种是PNG图片形式，一种是原始PyMOL格式，以后可以扩展更改。

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